昭和40年代初頭、東京港は首都の消費・生産活動に必要な物資の海上物流基地として着々と整備され、それとともに植物の輸入が急増し、また、品目の多様化も顕著となったため、植物検疫業務の円滑な実施と輸入植物の迅速な流通が懸念される状態となりました。
このような状況を打開し、東京港における植物検疫業務が円滑、的確、かつ迅速に実施されるよう当協会が設立され、受検業務の代行、一元化などが行われるようになりました。
現在、商社をはじめ植物検疫に関係する様々な業態の会員約440社が加入しています。
東京港は昭和42年にわが国はじめてのコンテナふ頭を品川に完成させ、コンテナ輸送革命の先端を切った港です。その後昭和46年から50年にかけて大井コンテナふ頭8バースが相次いで供用開始され、これを契機に、東京港は国際貿易港として大きく躍進することとなりました。
現在、最新の青海コンテナバースを含め、東京港には合計15のコンテナバースが稼動しており、ふ頭背後に立地する多くの物流センターと一体となって、ますます高度化する国際物流サービスを担う最前線基地となっています。